geo优化工具geo源码完全开源部署搭建

开源GEO优化工具部署指南

GEO（基因表达 Omnibus）优化工具通常指用于分析基因表达数据的开源工具，以下为完全开源部署的典型方案：

环境准备

• 操作系统：Linux（推荐Ubuntu 20.04+）或Windows Subsystem for Linux
• 依赖工具：Docker 20.10+、Python 3.8+、R 4.0+
• 硬件要求：至少4核CPU/8GB内存/50GB存储空间

获取源码

常见开源GEO工具库可通过Git克隆：

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 git clone https://github.com/geopython/geoapi.git git clone https://github.com/bioconductor/GEOquery 

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数据库部署

MySQL/PostgreSQL配置示例：

yaml复制插入

 # docker-compose.yml示例 services: postgres: image: postgres:13 environment: POSTGRES_PASSWORD: geo123 POSTGRES_DB: geo_db ports: - "5432:5432" 

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后端服务搭建

基于Python的API服务安装：

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 cd geoapi pip install -r requirements.txt python manage.py migrate gunicorn --bind 0.0.0.0:8000 geoapi.wsgi 

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前端界面构建

React/Vue前端项目部署：

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 cd geo-frontend npm install npm run build cp -r dist/* /var/www/html/ 

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数据分析模块

R语言环境配置：

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 if (!require("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("GEOquery") 

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容器化部署

Docker构建示例：

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 FROM python:3.9 WORKDIR /app COPY requirements.txt . RUN pip install -r requirements.txt COPY . . CMD ["gunicorn", "--bind", "0.0.0.0:8000", "geoapi.wsgi"] 

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测试验证

• 访问 http://localhost:8000/api/datasets 验证API
• 运行单元测试：python manage.py test
• 提交测试数据到 /upload 端点验证处理流程

注意：具体实现可能因不同开源项目有所差异，建议查阅所选工具的官方文档获取最新部署指南。生物信息学工具通常需要额外配置NCBI API密钥等认证信息。

原文链接：https://blog.csdn.net/Y18137784554/article/details/151797985?ops_request_misc=%257B%2522request%255Fid%2522%253A%25228d1da62c8bca42f5abf31ff81f1ae308%2522%252C%2522scm%2522%253A%252220140713.130102334.pc%255Fblog.%2522%257D&request_id=8d1da62c8bca42f5abf31ff81f1ae308&biz_id=0&utm_medium=distribute.pc_search_result.none-task-blog-2~blog~first_rank_ecpm_v1~times_rank-3-151797985-null-null.nonecase&utm_term=GEO%E4%BC%98%E5%8C%96